普通2種免許を取得するのにAT限定の場合はマニュアルの免許を

普通2種免許を取得するのにAT限定の場合はマニュアルの免許を取得しないといけないんでしょうか？

普通二種をAT限定で取得するならそのままでも可能ですが、普通二種をMTで受験する場合は路上試験があるので、まずは普通一種のAT限定解除からしなければなりません。
普通一種AT→普通二種MTを希望であれば、手間なので教習所へ行った方が早いと思います。

普通一種のAT限定の有無は、普通二種の受験には関係ありません。ただし、あくまで一般試験の場合の話です。指定教習所の場合は、普通一種にAT限定がついている場合、先にそのAT限定を解除するか、もしくは普通二種もAT限定つきのコースを取るかの選択を迫られると思いますね。
なお、普通二種をAT限定なしで取得すれば、普通一種についているAT限定は自動的に解除になります。
普通二種はタクシー用の免許で、今はたいていの会社でAT車化されていますから、AT限定付きで取得しても特に困らないと思いますよ。

普通二種はAT限定もあるのでそのまま解除せずに取得できますよ。巷で走ってるタクシーのほとんどはAT車なのであえて解除しなくてもいいと思います。

二種もAT限定があります。
一種がATで二種をMT(限定なし)で取りたいときは先に一種の限定解除が必要です。
一種限定なしの人が二種をAT限定で取ることは可能です。
私は一種限定なし、二種ATです。(飛び入りで受けるのに練習するMT車ないのでATで)
限定解除は場内なので、飛び入りならAT→解除という手もあります。(教習所なら金額のトータルは変わらないかと思います。)

普通免許二種にはAT限定があるので、MTを運転出来る免許を取得しないといけないという事はありません。
今のタクシーにMT車はほぼありません。
タクシーをやるのであれば、二種免許AT限定があれば十分です。
しかし、運転代行ではお客さんの車がMT車の場合もあるので、限定無しを持っていた方が良いと思います。
用途（何の旅客輸送をするか）によってそれにあった方を取得すれば良いと思いますよ。
決して「AT限定は情けない」という事はありません。
これはめちゃくちゃダサい偏見ですね笑