教習所の話でこれはあくまで一部の例ですが、車の免許を取りに行っ

教習所の話でこれはあくまで一部の例ですが、車の免許を取りに行ったとき、
最後に教習所の卒業検定をクリアしてから免許センターにて本面試験を受けると思いますが、その本面試験が合格するまでに普通自動二輪免許の教習所などに通った場合、学科の講義はあるのかどうかわかる方いらっしゃいますか？
（車の免許を取ってから二輪の免許を取り教習所に通ったら学科の講義はないと思いますが、車の免許を取る前（（卒業検定はクリアしているが本面試験はまだクリアしていない状態））で二輪免許を通ったら学科の講義はあるのかどうかってことです。）よろしくお願いします。

結論から言えば、学科教習免除の為の運転免許証が提示出来ないのであれば、学科教習免除にはなりません。
つまり二輪と四輪系を同一の教習所にて同時に教習するなど明らかに免除要件を満たす場合を除いて、別の教習所を卒業したのみではシード権は得られません。

あります。まだ車の免許ないのですから。

学科免除は普通免許を取得することで得られる恩恵です。
教習所卒業の時点では免除の対象ではありません。

例えば普通自動車免許の教習所卒業時点では、他の一種免許の学科試験免除は適用されないです。なぜなら免許取得が交付されていないからです。
同時教習なら並行して消化出来たでしょうけど、卒業してしまったなら、試験合格して免許交付後に再入校しないと学科免除にはなりませんね。
教習所側も免許所持が条件のはずですから。

まず学科試験に合格し免許の交付を受けなければ二輪の
教習で学科試験は免除にはならない、同時教習なら学科は
一つ分で済むだろうが。

あるに決まってますよ。卒業=免許取得ではありませんから。その権利があるだけですので、その状態では無免許ですから普通に学科教習もあるコースになるはずです。
同じ教習所なら、入校までに書き換え終わらせてださいね、と言われるだけで申し込みは可能かもしれません。