これから2輪免許を取得しようかと思っているのですが、普通車の

これから2輪免許を取得しようかと思っているのですが、普通車の免許はAT限定で2輪のMT免許を撮るのは難しいですか？
2輪初心者ならどちらも変わりませんか？

クラッチ操作がどうしてもできない人であれば、少し苦労するかもしれませんね。
自分は今でも４輪のMTも、大型２輪も乗りますが、初めての人であれば、４輪のMTの足でのクラッチ操作よりは、２輪の左手のクラッチ操作のほうが簡単に感じるのでは無いかと思います。
ということで質問への答えは、
どちらでも変わらないでしょう。
です。

クルマの「クラッチをつなげること」に挑戦してみて
どおーしても出来なかったので、AT限定にした、
といういきさつがあるなら、二輪のクラッチも
変わりませんから、無理です。

うちの娘がまさにそれで2輪MTをとりました、
スクーターでさえ乗ったことのない子でしたが、合格してます。
わからないことを教えるのが教習所です、頑張って無事合格して下さい。

動力をクラッチを使って伝えることは，二輪も四輪も同じ理屈ですが，大きな違いは足を使うか手で使うかでしょう。
足より手の方が微調整はしやすいでしょうから，練習を重ねれば二輪の方が馴染みやすいといえると思います。
根本的に，二輪と四輪とでは法規は同じでも，運転操作となれば手足の使い方だけでなく，曲がり方からして全く違いますから，一から教習を受ければ上達しますよ。

学科は試験含めて免除されますが…
クラッチの理屈を分かってないと苦労するかもです。
右手でアクセルと前ブレーキ、左手でクラッチレバー、右足で後ろブレーキ、右足でギアチェンジです。
まあ慣れれば手足の延長みたいに操作できますよ。