男ですが運転免許はATでいいですか？ - いいと思います。今の

男ですが運転免許はATでいいですか？

いいと思います。
今の車は大体ATがあります。
普通の車しか運転する予定がなければATで事足ります。軽トラ運転予定なければ。
もし必要になったら追加講習でMTも取れます。

AT限定しか取れない何かしら特別な理由があるならいいんじゃないでしょうか。

問題無しですよ。ＭＴ車に乗る仕事にでも就かない限り、必要無いです。世の中の限定無し免許を持っている人で、ＭＴ車に乗っている人なんで少ししかいないですよ？よくＡＴ限定免許をディスっている人だって、大半はＡＴ車に乗っていると思います。

あなたが困らないなら。

それで十分と質問者さんが思っていれば、構わないと思います。
私は、免許証に「AT 限定」の文字を乗せたくなかったので、限定なしで取得しています。実際に、マイカーは MT です。ただ、現実的には、AT 限定でも、ほとんど困らないので、AT限定で取得することは、一般的になっているといえるかもしれません。

性別を問わず、モータービジネス従事者になる予定がないなら特に支障はない。