今度の運転免許証の更新の時に、普通第二種免許だけ返納しようと思うのです

今度の運転免許証の更新の時に、
普通第二種免許だけ返納しようと思うのですが、
更新の時に試験場にその旨を報告すれば、
その場で手続きは可能ですよね？
当然、
新たに交付された運転免許証には普通第二種免許の記載は完全に無くなり、
他人が見てもその運転免許証からは、
普通第二種免許を過去に所持していた事は
分からないのですよね？
例えば免許の紛失をすると、
数字の羅列の１つが１になって、
第三者から見れば過去に紛失したと分かりますが

一部の免許を返納することは可能です。
そうでないと深視力落ちた人は全免許取り消ししかできなくなってしまいます。
試験場は試験をするとこなので更新できるかはわかりませんが、更新会場で申し出たら対応して貰えます。
片目失明等で深視力が確実に不可とかでなければ置いておいた方がいいと思います。

部分返納の手続きは「申請取消」と言い、取り扱える窓口が制限されているのが普通です。更新は扱えるが、申請取消が扱えない窓口であれば、更新時に返納したい、と言っても取り扱って貰えません。
質問者さんが「普通二種」より上位の免許を所持していない、あるいは所持していても同時に返納するのであれば、申請取消手続きで普通二種のみを返納することはできます。同時に更新手続きを取れば、新たに交付される免許証は、種類欄から「普二」が消えるでしょう。ただ、左下の初取得日の「二種」の日付がゼロに戻るかどうかは、ちょっとわかりません。ゼロに戻るなら、過去に二種を取得していたかどうかは判別不能ですが、残ってしまうなら判別できてしまいますね。
12桁の免許証番号は変わりませんので、それで区別がつくことはありません。

大型二種又は中型二種をお持ちでないならば、一部申請取消は可能ですが…
何か特殊な事情でも？

部分返納は可能です。
上位免許を返納して、下位免許を取得するって事も可能です。
例：普通自動車免許証のみ（原付免許無し）の人が普通自動車免許証を返納し、原付免許のみにすると言う事も可能
紛失した訳では無いので末尾が＋１される事はありません。
紛失等で古い免許証を返せない場合、同じ番号の免許証が２つあるとダメなので末尾が＋１されるのです。

無理じゃないですか。免許返納ということは、すべての運転資格を返上するということです。その前に、なぜ返納するのですか？ 運転しないのならしないで、免許証は持っておけばいいだけでしょう。どうしても運転しなければならない事態の時は運転できます。そのとき返納していたら、無免許運転になります。返納して損することはあっても特になることはほとんどないと、私は考えます。（更新料以外は）