原付で足が着いていないと言われ、一時不停止になりました。いま自動車学校に行って

原付で足が着いていないと言われ、一時不停止になりました。いま自動車学校に行っており、車の免許をとる予定なんですが、その時の免許って緑ですか？

既に原付免許を持っていて普通車を取るのでしょうか？
何らかの免許(緑)を持っている人が他の免許を取った場合、５年以内なら免許期間や違反歴に関係なく青になります。

いえ。青3年・青５年のいずれかですね。
グリーン免許というのは、
・その人間が初めて発行された免許
という意味です。
なので無違反者であろうが違反者であろうが、
１人１回しか発行されない免許です。
他の運転資格を追加する手続きは併記と呼ばれますが、
この併記を行うと新免許証が交付されます。
この免許初めて交付される免許ではないですから、
グリーンにはなりません。
過去５年の違反歴や免許所持歴に応じて、
・金５年
・青５年
・青３年
免許のいずれかになります。
質問者さんは違反歴ありますから、
青５年か青３年のいずれかになります。