免許センターでの学科試験に落ちてしまい次の日に再度試験を受けようと思って収入証

免許センターでの学科試験に落ちてしまい次の日に再度試験を受けようと思って収入証紙を免許センターで購入してから帰ろうと思ったのですが、
かなり混んでいたのでネットで調べて他で購入出来る場所を探していたら警察署で購入が出来ることがわかり帰りに寄って収入証紙を購入しようとしたら対応をしてくれた婦人警官が[種類が違うと思うから免許センターで購入をして下さい]と言われました。免許取得時の収入証紙は何か違いがあるのでしょうか？

さあ？。どのような構成で証紙を発行するかは、それぞれの自治体(道府県や市)の自由ですからね。わざわざそう言って断られたと言うことは、運転免許の関連手続きには使えない証紙が存在するのかも知れませんね。
また、証紙自体は同じでも、目的が違えば納付額も違い、必要な額面の証紙が置いていないこともあり、それを言われたのかも知れませんね。

恐らく担当した人は
『他の場所で購入するとトラブルになる可能性がありそう』と判断したのでは？
免許センターの窓口で購入した方が間違いないでしょうから。