車に乗る直前、もしくは乗ってすぐに免許証がある事を確認し、いざ運転をする

車に乗る直前、もしくは乗ってすぐに免許証がある事を確認し、いざ運転をするまでの僅かの隙に何らかの方法で免許証が盗まれたとします。
そのまま気付かずに運転し、警察に止められ、免許証確認の際に無いことが発覚した場合はどのような対応になるのでしょうか？
仮に切符を切られてしまうとして、運転する直前にちゃんと確認していた事が何らかの方法で証明出来た際は切られた切符は取り消しになるのでしょうか？

表現が正しいかどうかは分かりませんが、違反は、本人が意図しない場合は、罰せられませんので、盗難であれば、免許不携帯で罰せられることはないはずです。
但し、切符が切られてしまうと、取消は無理のようですから、最後まで抵抗するしか、ないと思います。

反則キップの取消はありません。
まずは免許証不携帯で反則キップを切られます。（反則金3000円）
その後警察署での盗難届けと再交付の手続きが取られます。
そして警察からは「新しい免許証が交付されるまでは数日かかる事があるので
車の運転はしないように」との注意があります。
但し運転免許センターで盗難届けと再交付の手続きをすれば当日
に新しい免許証が交付されます。

免許証不携帯違反は
運転する前に免許証の携帯を確認したかどうかを問うものではありません。
理由の如何を問わず免許証を携帯しないで運転すること、及び提示を求められて速やかに提示できない場合に成立します。
なので、質問のケースでも免許証不携帯違反になります。
実務的には、必ずしも切符で告知するとは限りません。
質問のような内容が明らかで、嘘ではないと判れば、注意で済むこともあります。（一例として、自宅が近くて家族に免許証を持ってきてもらった場合などは、告知せず注意で終わります）
切符を切られた後では、切符を取り消すことは無理でしょう。（法的に違反は成立していますから）

例えば３６０度ドラレコで乗車時に「免許所持ってまーす」と録画に残っており、その後記録が連続していて改ざん履歴が無ければ証明になりそうですね。
その場合「盗難の場面」も記録されてるでしょうから。
あ、「免許証をカバンにほりこんで後部座席に放り投げておいた」なら死角になるかもしれませんね。
その抗弁が通るかどうか是非お試しください。

携帯とは肌身離さず所持する事なので、盗まれて気付かない場面というのが想像できません。車内で同乗者にスリが居たとかですかね？
理論上はあり得るかも知れませんが、議論する意味があまりない様な気がします。