なにか悪質な違反などで免許取り消しになった場合、教習所で仮免

なにか悪質な違反などで免許取り消しになった場合、教習所で仮免・卒検等を終えたあと本試験(学科)ってまた受けなくちゃいけないんでしょうか？
それと、普通免許だけではなく二輪免許や、大型免許も取得していた場合、また全部乗れるようになるには全部の教習を受けてそれぞれの卒検を受けて合格しなければいけないんですか？

運転免許を取得する方法は大きく分けて二つあります。
一つは公安委員会指定自動車学校で教習、卒業検定をして、運転免許試験場で適性試験・学科試験を受ける方法。
もう一つは、適性試験・学科試験・技能試験などすべてを運転免許試験場で受ける方法。（一般試験、世間でいう一発試験）
現在ある運転免許（15免種あります）が、原付・小特・大特二種・けん引二種は一般試験でしか取得できません。
行政処分点数による取消処分を受けた場合、複数の免許を持っていてもすべてが「取消処分」です。
尚、初心者特例での取消処分は初心者特例該当免種のみが「取消処分」です。
すべてが取消になったので、上記の二つの方法のいずれかから一つ一つ取得しないといけなくなります。

免許の全てが無かったことになります。
全部やり直しです。

概ねお考えの通り。
再取得にあたり教習所に通うかどうかは別として。

教習所は必要ないのでは？
一発試験で合格すれば 免許は取れるものだと思うのですが。

「取り消し」ですから、そうなります。