運転免許について合宿免許で普通二輪免許と普通自動車免許(AT)の

運転免許について
合宿免許で普通二輪免許と普通自動車免許(AT)のセットを申し込もうと思っているのですが、2つ一緒だと分かりにくいなどありますか？
セットで申し込んでも問題ないでしょうか？
勉強内容がこんがらがってしまうなどありましたら教えていただけますと幸いです……！

学科は同じ事を勉強します。
バイクを取りに来ても学科(試験）では車の操作や特性、シートベルトやチャイルドシートについて勉強しますし、
車を取りに来てもバイクの服装や操作、特性を勉強します。
だから学科自体はどれを選んでも共通なので問題ないです。
運転自体は全く別物。
普通二輪MTならクラッチ操作があるものの、じゃあ車もMTのがいいかと言われたら原理は同じでも操作が別物なので関係ないです。
交通法規自体は同じなので、単純に操作を2種類覚えなければならないため学科も含めるとまぁまぁ大変かもしれません。
ただバイクは別に今じゃなくても取れるし、車を取れば後ほどバイク乗りたくなってやっても学科免除で技能だけ集中できることもあり、そっちのが楽だと思います。
せっかくだからと言ってもそこまで安くなるわけでも早く取れるとか取りやすいわけでもないので、多少なり不安感じるなら車だけでいいと思いますよ。
バイクは趣味の乗り物ですし。

普免と普自二は学科内容同じなので重複することはありません。
技能は全く別物なのでそれぞれに慣れれば問題ないです。