マニュアル免許を取得するのが難しいのは仮免許を取るまでと聞いたのですが本

マニュアル免許を取得するのが難しいのは仮免許を取るまでと聞いたのですが本当ですか？
第二段階は簡単ですか？

本当です。
というのは、MTの操作ができないと仮免許を取れません。つまり仮免許を取れる＝基本的なMTの操作はできる。だから第二段階は簡単に感じると思います。

マニュアルなんて簡単

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それぞれ個人の捉え方次第だろうけど、概ね｢当たらずとも遠からず｣でしょうね。

私が免許を取得した頃は、そうでした。
当時は４段階制で、第３段階が終わっての修了検定でした。
そして、修了検定のなかに縦列駐車と方向変換（車庫入れ）が含まれていて、そこが最大の難関でしたね。
そうやって仮免許を取得したらあとは路上教習のみで、卒業検定も路上のみで完結していました。
だから、路上へ出たら毎日がドライブ気分で教習に臨めました。
いまは縦列駐車などが卒業検定の課題に変わってしまったそうで、路上での検定を終えてから教習所に帰って縦列駐車や方向変換をやるのですね。
最大の難関である縦列駐車や方向変換を修了検定で終えてしまうのがいいのか、一番最後まで持ち越すのがいいのか…ま、お上が決めたことですからそれに従うしかないのでしょうね。

ええ。MT車をまともに運転できなければ、修了検定に合格できず、仮免許が得られませんからね。で、合格して仮免許を得ているなら、特に問題なく MT 車を動かせると言う事なので、路上に出て第二段階の教習をこなすのは、それほど難しくはないでしょう。
なので、法定の技能教習時間も、第二段階は AT限定の有無に関係なく 19時間となっています。代わりに、第一段階が AT限定なしは15時間、AT限定つきは12時間と差があります。