普通一種免許の人が３ヶ月特例が適用されてたとします。 - も

普通一種免許の人が３ヶ月特例が適用されてたとします。
もしその人が普通二種免許を取得した場合は３ヶ月特例は無くなってしまうのでしょうか？

その「3か月特例」と言うのが、累積点数の計算ルールの話であれば、免許の種類やその増減には関係ありません。計算対象は人ですからね。

違反点数の「優遇措置」のことでしょうか？
ある違反Aから過去2年（以上）違反がなく、また違反Aから先3ヶ月違反がなければ、その違反の点数は累積から外れます。
途中で新たな免許を取得してもそれは関わりありません。

３ヶ月特例は無くなってしまうのでしょうか？
無くなることはありません
違反点数は、
１年間の違反点数の積み重ね(累積)
一年間に
「無事故無違反期間」が無い場合は
違反点数が、
その都度、違反点数が積み重ねされます
一年間に
「無事故無違反期間」がある場合は
過去の違反累積点数は消え
前歴０回、違反点数０点に戻ります
＜＜無事故・無違反の優遇措置＞＞
３点以下の違反を起こした方
その違反日からさかのぼり
２年間、無事故無違反期間がある場合
違反日から～３か月経過すれば
違反加算点数は消え
前歴０回、違反加算点数０点に変更

3ヶ月ルールの事ですか？
二種を取得しても無くなりませんよ。
遡って過去2年以上無事故無違反には変わりありません。

普通二種を取得した段階で普通一種の免許更新の必要はなくなりますから3ヶ月特例は意味を持たなくなります。