平成21年に普通自動車免許を取得してその当時は2トンまで乗れたんですけど

平成21年に普通自動車免許を取得してその当時は2トンまで乗れたんですけど更新したら準中型免許に書き換えられてて3トンまで乗れるって事ですか？

いいえ。
平成21年に普通自動車免許を取得した人は、総重量5t未満、最大積載量3t未満の車両が運転できました。平成29年の道交法改正で準中型自動車が創設され、普通自動車の上限が縮小された際も、この範囲は維持されたので、該当の人は「準中型自動車免許の5t限定付き」に移行しました。つまり、上限は変わらず、分類だけが変わったのです。運転できる車両が広がった訳ではありません。
また、トラックをトン数呼びする場合、その数字はベース車の最大積載量を言う習慣です。「3トントラック」と言うのは、最大積載量3tのことです。しかし、最大積載量3tの車両は、平成21年の普通自動車免許でも、今の準中型自動車免許の5t限定つきでも、運転できません。

職員から説明がありませんでしたか？
準中型免許新設にともない、平成29年3月(何日かは忘れた)までの普通自動車免許は、準中型免許に格上げされました。
但し、5トンの条件がつくので、運転できる範囲は旧来の普通自動車免許と同じだと。
この「5トン」の意味はおわかりになるはずです。

準中型ですけど、5トン限定です。
運転できる範囲は免許取得時と
変わっていません。

総重量が5t未満で、積載重量が3t未満の車があればね。
5t未満限定って条件が付いてると思うけどね。

平たく言えば、免許の名前が変わっただけ。
中身は変わってない。
つまり取得当時から運転可能な範囲、
車輌総重量5000kg未満かつ、最大積載量3000kg未満かつ、乗車定員10名以下の条件を満たした自動車を運転可能。