先に原付の免許を取り、その半年後に車の免許を取りました。車の

先に原付の免許を取り、その半年後に車の免許を取りました。車の違反で再試験になったんですけど、違反をした時には原付の免許を取って一年半経っていました。
もし再試験に落ちてしまうと、車だけでなく原付も免許取消しになりますか？それとも原付の免許は残りますか？

再試験に不合格になっても原付免許は残ります。
初心運転者講習不受講もしくは、講習受講後に合計3点以上の違反で再試験確定ですか？
再試験通知書は届きましたか？
普通免許所持者として準中型免許を取得するということは検討しましたか？
教習費用は16万円程度、再試験は不受験にして、意見の聴取で取消が決定する前であれば、学科免除で併記でき、取消が決定した後なら、普通免許の取消を受けて、翌日以降、本免学科試験に合格して併記できます。
取消は自主的に受けに行きますので、多少の先延ばしにして教習所を卒業することはできます。(取消を受けると教習時間大幅増なので、卒業まで取消は受けないこと)
再試験を受けて不合格になれば即取消なので、再試験も受けないようにします。

免許証は1通です。原付きも取り消しです。

原付は残ります。
そもそも、自動車免許を取得した時点で原付の初心運転者期間は無事に終了したことになります。