自分は原付の免許を持ってるのですが、車の免許をもうすぐ取りに行きます、そこ

自分は原付の免許を持ってるのですが、車の免許をもうすぐ取りに行きます、そこで車の免許に原付の免許を持ってることを表示されてほしくないんですが、他に免許を持ってるか聞かれた際に持ってないと言ったら大変な
ことになりますか？

教習所を卒業した後、運転免許試験場（運転免許センター）で本免学科試験を受験し、合格すると普通免許が追加された新しい運転免許証が交付されます。
原付の表記を残したくない場合は運転免許を返納して、免許を持たない状態にして本免学科試験を受験してください。
そうすれば、初めて免許を取得する人と同じようにグリーン帯の普通免許のみの運転免許証が交付されます。
教習所で教習を受けているときに原付免許を所持していても、後に返納をすればよいだけですので問題ありません。
入所の際は必ず原付免許を提示してください。
~本籍記載の住民票の写しが必要になります。
~返納をすると、普通免許を取得するまでは原付が運転できません。（無免許運転になる）
~免許期間は途切れます。（ゴールドは遅くなります。）
~違反点数があれば、返納、新たに取得としてもそのままです。
これらの点に注意してください。
>免許を持ってるか聞かれた際に持ってないと言ったら大変なことになりますか？
なります。
そのつもりがなくても、運転免許証を2枚取得しようと（不正取得をしようと）企てていると判断されます。

試験を受ける前に免許を返納すれば表示されなくなります。ただ免許歴も消えるのでゴールドが遠のきますね。
嘘をついた場合は免許証を不正に2枚取得した事になり過去に逮捕事例もあります
https://tadatabilife.hatenablog.com/entry/2020/11/10/142731

一旦原付免許を返納してから普通免許を取れば良い。

その嘘はすぐにばれます。あなた自身の過去の免許取得状況はデータとして残っています。また免許には「初回免許取得年」が表示されるので、すぐにばれます。
最悪の場合「偽証罪」に問われるかも？

原付免許を取得している状態で普通免許を取得したら、免許証は「原付」「普通」両方を取得したと表示されます
どうしても「原付」の表示をしたくないなら、一度原付免許を失効させてから普通免許を取得するしかないと思います

車の免許で原付乗れるので他に持ってないでも事実上同じですので問題ないと思いますよ。