マニュアル車の免許をとったら、しばらく慣れるまでマニュアルの車を乗るとして、

マニュアル車の免許をとったら、しばらく慣れるまでマニュアルの車を乗るとして、オートマの車に乗るとしたら、どんくらいマニュアルに乗っておいた方がいいですか？

難しいですね。
仕事でMT車を運転する予定がある、または自分で車を買うならMT車しか無いってことならどんくらいというか身体に染みつくまでMT車を乗った方がいいと思います。
MT免許を取ったとしても、世の中MT車に出会うことの方がレアです（1行目のようなことがなければ）。
MT車に乗る必要がないのであれば免許さえあれば十分、もうAT車へ移行してもいいんじゃないかと思います。
それほど世の中にMT車ってのは存在していませんから（1行目注意）。

AT車の乗り換えた時に間違ってクラッチ探す位になってから(笑

MT車の操作に関して、考えなくても手足が自然に動くようになるくらいまで乗っておく事をおすすめします。