例えば原付の免許を所持してる人が、車の運転免許取得のために教習所に通っ

例えば原付の免許を所持してる人が、車の運転免許取得のために教習所に通っていて教習中に違反を犯してしまった場合加点されてしまうんでしょうか。
普通免許所持者が、大型の教習中に違反してしまった場合とか。

免許所持者と同じで加点されます
ちなみに原付免許持ってなくて普通免許取得のための教習所中に違反したら免許取得と同時に加点付き状態の免許になりますよー(重大な違反だと試験に合格して免許取ったのに免停明けまで免許貰えないこともあるらしい)

違反点数は、免許ではなく人につくものです。よって、上位免許を取得中の人も、無免許の人も、車やバイクで違反をすれば、相応の点数がつき、相応の処分を受けます。
ただ、肝心の違反点数自体は基本的に、自動車や原付による違反に対して形状するものなので、例えば自転車で何か違反をした場合、点数は付きません。個別の違反に対し刑事処分がある他、その内容によって「点数に寄らない処分」の対象になる可能性がありますが、点数制度とは関係ない処分です。

加点されます。
原付免許、普通免許、大型免許などそれぞれの免許は独立している訳でなく、
種類に関係なく、免許を取得したその人に免許は属します。
ですから、原付だろうが大型だろうが１点は１点。
免許の関係がない自転車で、泥酔の状態で捕まれば免停や免取りもあり得ます。