AT限定解除と免許証の再交付を同時に行いたい(写真を変更した

AT限定解除と免許証の再交付を同時に行いたい(写真を変更したい為)のですが、そうするには検定合格後 免許センターへ行った際に｢写真を撮り直したいので再交付したい｣と伝えれば大丈夫でしょうか？

お考えの通りです。
手続きの際にその旨申告なさって下さい。
なお、限定解除審査手数料の他に免許証交付手数料が別途必要になりますので念のため。