普通免許視力検査で落ちましたが、眼鏡すれば0.5の視力があり原付免許の

普通免許視力検査で落ちましたが、眼鏡すれば0.5の視力があり原付免許の基準以上の場合に免許は一から取らないといけないのでしょうか？

いえ，普通免許だけを持っていても，下位の原付免許に変更することはできます．
免許センターに行って係の人に相談してみてください．

少し情報が不足していますが
質問者さんは指定自動車教習所の卒業検定を受けて合格し
運転免許試験場で適正検査と学科試験を受ける事
だったが適正検査に基準を満たさず適正検査に不合格だった
と言う事ですか？
そうだとすれば技能試験は免除になっているので
適正検査と学科試験だけでいいです。
つまり一から取り直す必要はありません

いまいち何を聞きたいか分からないけど、普通自動車運転免許取得の要求視力は、矯正視力で左 右0.3以上、両目で0.7以上なので、その視力じゃ普通自動車免許の学科に受かってたとしても免許取得は無理だね