運転免許でそのうちMT限定、AT限定、自動運転限定ってできると思い

運転免許でそのうちMT限定、AT限定、自動運転限定ってできると思いますか？

出来ると思います。
完全自動運転でも救急講習的なのが必要になると思います。

ないと思います。
現状維持でしょう。
自動運転限定免許は絶対にできないと思います。というのは自動運転だけの車は絶対に造られないと思っているから。様々な法改正が必要になりますし、自動運転車が事故した場合に責任問題も発生しますので、メーカーが自分の首を絞めるような車を大量生産して市販なんかするわけないと思います。ハンドル、アクセル、ブレーキを残せば、自動運転はオプションであり選ぶのはドライバー。つまり有事の責任はドライバー。すなわち今までどおりです。
補足として、車が自動運転になろうとも、物理的限界を超えれば事故になることは既に分かっていることです。

MT限定＝無し
AT限定＝すでに存在する
自動運転限定＝自動運転のレベルによっては絶対無いとは言えないけど、完全自動なら必要無いでしょうし、何らかの事情で自動運転をキャンセルして走らせるなら普通に運転免許が必要になると思われるので可能性は低い気がする
↑個人的見解ですが。

出来ません。
少なくても「MT限定」「自動運転限定」は出来ません。

自動運転限定というのはないんじゃないかな。ただ高齢者向けに何かしらの限定（例えば誤操作を未然に防ぐ運転補助機能付き限定とか、MT限定など）が出るような気がします。免種はもう出揃った感があるので、限定文でなら何らかの追加はありそう。