会社で中型免許を必要とする業務があり、会社のお金で免許を取りました。免許取得

会社で中型免許を必要とする業務があり、会社のお金で免許を取りました。免許取得後3年以内に退職してしまうと全額返金しないといけないという決まりがあります。労働基準法第16条に違反していると思ったのですが、
法律に詳しい方よろしくお願いします！

基準法16条は、あらかじめ労働者に「賠償」を求める事を規定してはならない、と言うものですね。遅刻したら罰金とか、ミスしたら罰金とか、そういうクソみたいなことを言う経営者に対する予防策です。
でも、免許取得費用の返金については「賠償」にはあたりません、と言うか、当たらないように法的武装を整えて実施されます。たいていの場合は、免許の取得費用は「貸与」の形を取ります。つまり、労働者が会社に負う借金です。3年以内に退職した場合は返さないといけないが、3年勤めたら債権として放棄されるので返さなくてよい、と言う条件つきです。これなら、法的には損害賠償ではなく、単に借金の返済です。
職務命令で取得させるなら、費用も貸与ではなく給付でなくてはなりませんが、そこも大抵の場合は「命令」の形を取らないことで、法的に回避しています。

会社の方針がそういう風ならばそうなんでしょうね。でも、何故今頃になって、問題にしてるの？就職時に説明受けてないでしょうか？急に、そんな話をする筈もないだろうし。責任は貴方にあると考えます。

その決まりは違反ですね。
金銭消費貸借契約であれば合法です。
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免許取得費用の金銭貸借契約をしているなら返金が必要です。

免許を取る前に企業と約束事を舌筈です。それを今更法律を持ち出すのは人としてどうなのか疑問ですよ。
免許を取得するのに時間と費用を企業から援助されていたはずので約束を守れないなら違約金を支払うのが筋ですね。