更新期限が半年以上経過して失効している原付免許を所持しているのですがこれは返

更新期限が半年以上経過して失効している原付免許を所持しているのですがこれは返納しなければなりませんか？
また近々、普通自動車の本面学科試験を受けに行く予定なのですが返納せずとも免許証発行はしてもらえるのでしょうか？

はい。運転免許証に限らず、資格者証と言うのは発行した機関の所有物であり、交付を受けた人間はただ「預かっている」だけです。たいていの機関は、失効した場合は返納するように定めてあるはずです。失効した運転免許は返納する義務があります。
ただし、実務を担当する警察は、そこまで厳格な管理はしていません。未回収の免許証があるからと、新規の免許取得が保留されるような運用は行われていませんので、失効した原付免許を返さなくても、普通免許の受験は出来ますし、合格すれば免許証を貰えるでしょう。