普通車（AT限定）免許を所持の上，現在普通二輪の技能教習を受けています。 -

普通車（AT限定）免許を所持の上，現在普通二輪の技能教習を受けています。
自動車学校からは普通免許所持者の場合は座学の受講は自動車学校ではできないとの案内でした。
普通二輪では免許センターにて座学の試験もあると思うのですが，自動車学校での座学講習を受けることができないため，本免試験が不安です。
何か講習を受ける方法，場所はありますでしょうか？？

既に第一種普通自動免許を持っているのですから、普通自動二輪では、学科試験は免除ですけど…
自動車学校でも、学科教習のほとんどは免除です。危険予測の学科教習が1～2時間あるだけです。
学科教習(座学)はできないのではなく、必要ないということでしょう。

通学されている学校は、いわゆる「練習所」と
呼ばれる公安委員会非指定の教習所ですか？
それならば、試験場で技能試験に合格した際は
公安委員会指定教習所で「取得時講習」の受講
が必要です。
内容は危険予測（シミュレータ＋学科教習）、
コース内での実技走行があります。
＞普通二輪では免許センターにて座学の試験も
＞あると思うのですが，自動車学校での座学講習
＞を受けることができないため，本免試験が不安
＞です。
既に普通免許を所持されている方は、学科試験は
ありません。（併記申請）
技能試験合格後、上記の講習を受講して受講終了
証明書とともに免許申請書類を試験場に提出して
下さい。

質問文のケースでは、免許センターでの学科試験は免除のはずですけど。
質問者さんがお住まいの都道府県では、違うのでしょうか？

普通自動車免許所持の状態で、普通二輪（当時は中型二輪）免許を取得したものです。
今も、普通自動車免許所持者は、少し短縮になるとはいえ、
二輪の教習では学科の教習があるハズですが・・・
公認の教習所なら、
卒検に合格すれば、試験場では試験はなく、免許を受け取るだけですよ？

普通免許を持っている人が普通二輪免許を取得する場合、運転免許センターでの学科試験は免除されます。
ただし、自動車学校で2時限だけ学科教習を受講しなければなりません。
結論
審判無用です。