特殊小型船舶の免許を取ろうと考えているのですが、その時に必要な

特殊小型船舶の免許を取ろうと考えているのですが、その時に必要な書類として、身体検査証明書？みたいなのが必要なのですが、身体検査というのは健康診断や人間ドックとどう違うのでしょうか？

国家試験免除の教習所なら船舶免許身体検査でネット検索して内科医で簡単な問診と目の検査、聴力検査等を受けます。
10分ぐらいで終わります。
値段も私が受けた時は3000円でした。（検査費用は色々です）
一発国家試験の場合は試験場で身体検査が有ると聞いています。

ボートスクールなどで実技、学科免除であれば、ボートスクールで身体検査が行われると思います。費用の内訳に身体検査費用が入っていませんか？ボートスクールに聞かれるのが確実です。
もし、国家試験を直接受けられるのであれば学科試験の際に身体検査が実施されます。学科試験時の身体検査は事前に病院などで受けておけば必須ではありません。
受験前に個別に身体検査を受けるのであれば書式が決まっていますので国家試験を行っている『一般財団法人 日本海洋レジャー安全・振興協会』から『身体検査証明書』をダウンロードしてください。
https://www.jmra.or.jp/license/license-download

健康診断等とは違い、船舶を操縦する為の視力や身体能力があるかどうかや支障をきたす疾病が無いかを検査するものであり、健康の為の検査では無いという事ですね。