普通四輪免許を去年の12月に取得しました。 - 現在、小型二輪

普通四輪免許を去年の12月に取得しました。
現在、小型二輪の教習所に通っているのですが、免許センターで新しい免許を受け取る際はまた写真は取るのでしょうか？

はい、撮ります。

併記する申請書には、写真を貼り付けなければなりません。
新たに撮影する必要があります。
新たに取得する運転免許の併記手続きは、どこの都道府県の運転免許試験場（運転免許センター）でも同じです。
教習所で卒検に合格すると、卒業証明書の発行と、併せて免許センターに提出する申請書を作成してくれるのが普通です。
当日の手続きに仕方についても説明されます。
分からないことがあれば、知恵袋で質問するよりも、教習所で詳しい説明をしてもらうとか、各都道府県警察のＨＰで公開している併記手続きの仕方を確認するのが間違いありません。

小型二輪→普通二輪小型限定なので普通免許とは、
異種免許となって、併記の際に交付されるのは、新免許証となります。
従って、写真も新しくなり、免許証もブルーとなります。