仮免許で、技能が受かって学科が落ちた場合、また再試験になると思うので

仮免許で、技能が受かって学科が落ちた場合、また再試験になると思うのですが、そのときは学科だけですか？

運転免許試験場の場合。
学科試験を先に受けて合格した者だけが次に技能試験を受けます。
質問が指定自動車教習所での事を言っているのなら
自動車教習所に問い合わせて聞いて見る。

指定自動車学校での受験と、運転免許センターでの受験の場合で異なります。
運転免許センターでの受験では、まず学科が合格しないと、技能試験を受験できないので、技能が通って学科が落ちる、という状況は発生しないと思います。
指定自動車学校の場合は、先に技能試験を行う場合もあるようなので、その自動車学校ごとに異なると思いますが、なんとなく、学科試験のみでよい、となりそうにも思われます。正確には、指定自動車学校に問い合わせるしかありません。