同じ日に免許センターへ行き、免許証をブルーにしたいです。お金は

同じ日に免許センターへ行き、免許証をブルーにしたいです。お金は多くかかっても問題ありません。
原付を最初に取るため学科試験受けて交付。
次に、普通自動車の学科試験を受けて交付。
これでいいですか？

お金が多くかかってもいいなら、同じ日に拘らず、2日に分ければいいだけでは？。
同じ日に手続きができるかは、2つの手続きの受付時間が重ならず、かつ前の手続きが済んで免許証が返された時点で次の手続きの受付時間が終わっていない、と言うことが条件になります。でも、これは各都道府県によって異なるので、どこかでは可能かも知れませんが、どこでも可能ではありません。
例えば私の住む福岡県の場合、先に原付講習を受けておけば即日交付ですが、学科試験は平日の午前中にしかやっていませんので、原付と普通自動車は同日には受験ができません。また、東京都の場合、原付免許の受験者が免許証の交付を受けられるのは午後遅くなので、その日の午後の普通自動車の学科試験には間に合いません。

一つ目の免許を取得して3年後の更新で色は緑から青になりますがその期間の間に上位の免許を取得した場合、色は青になりますのでその取得手順で問題はありません。
ですが、免許センターでの受付時間が殆どの場合9:30〜11:30くらいが多いです。
そして原付免許は学科試験の合格後に2〜3時間の実技講習があり、その後にビデオ講習等がありますので当日に免許を二つ取得することは物理的に不可能です。

出来るならそれでいいと思うけど、原付免許って学科合格後に３時間ぐらいの講習があるよね？
その後に免許の交付だから、ほとんどの免許センターでは時間が無いと思う。

時間的に無理じゃないですか？
あと、普通免許で原付バイクも運転できるので意味ないです。