四輪の免許持ってて自動車学校で普通二輪が終わり免許センターでは

四輪の免許持ってて自動車学校で普通二輪が終わり免許センターでは学科と技能どちらを試験するんか？

適性試験だけ。
学科も技能も免除？

公認の教習所を卒業したのであれば、免許センターでは
学科も実技もなく、適性検査(視力検査など)だけです。
私も普通免許取得後に(当時の)中型二輪の教習所を卒業し
免許センターに卒業証明書と免許証を持参して
自動二輪を併記してもらいました。

普通二輪免許・大型二輪免許・普通免許・準中型免許・中型免許・大型免許・
大型特殊免許・牽引免許の第一種免許の学科試験は共通なので問題は
同じです。
従って、その範囲から出題されますし、上記何れか1つの免許を
取得していれば、他の免許取得時には、
仮免含め学科試験は免除なので免許センターでの試験は、
公認教習所の卒検を合格してれば技能試験も免除なので
残る試験は、適性検査のみです。

公認の自動車学校を卒業して1年以内ならば学科も技能も免除され、視力や聴覚等の適性試験のみになります。
公認の自動車学校卒業で1年間学科免除。非公認の教習所だと技能試験あり。
四輪の免除と二輪の免許の学科試験は同じなので、四輪の免許を持っていれば学科は免除。