中型二輪の免許を返納したら車の免許を取る際に卒検と筆記を受けないと行けない

中型二輪の免許を返納したら車の免許を取る際に卒検と筆記を受けないと行けないのでしょうか？

普通自動二輪中型限定しかお持ちでないのに返納されたら、教習所で卒検、試験場で本免学科を受けなければなりませんね。
返納しなくても教習所の卒検は受ける必要ありますけどね。

中型二輪免許というのは存在しないので
普通二輪と解釈します。
普通自動二輪の免許しか所持していないなら
普通自動二輪の免許を返納したら何も無い状態
ですから最初からになります。
指定自動車教習所入校→技能講習と学科教習→仮免試験→路上練習
→卒検→運転免許試験場で本免学科試験→免許証交付

そうとは限らない。例えば４輪はけん引を除く二種（普通、中型、大型の何れか）を所持していて中型二輪の免許を返納（できるのかな？）した場合で、けん引一種を取得したいときは実技試験だけ合格したら学科は免除。

返納も取消も同様で無免許からの試験となります

もちろん返納すると免許無しの人と一緒になりますので全ての学科、筆記試験は受けなければなりません。