よく、免許で大型特殊2種を使う車両は日本にないと言いますが、水陸両用バスは

よく、免許で大型特殊2種を使う車両は日本にないと言いますが、水陸両用バスは当てはまらないのでしょうか？

水陸両用バス、と言うだけでは特殊自動車になりません。特殊自動車は、法律でこう定義されていますが、陸上をタイヤで自走する水陸両用車は該当しません。
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大型特殊自動車
一 次に掲げる自動車であつて、小型特殊自動車以外のもの
イ ショベル・ローダ、タイヤ・ローラ、ロード・ローラ、グレーダ、ロード・スタビライザ、スクレーパ、ロータリ除雪自動車、アスファルト・フィニッシャ、タイヤ・ドーザ、モータ・スイーパ、ダンパ、ホイール・ハンマ、ホイール・ブレーカ、フォーク・リフト、フォーク・ローダ、ホイール・クレーン、ストラドル・キャリヤ、ターレット式構内運搬自動車、自動車の車台が屈折して操向する構造の自動車、国土交通大臣の指定する構造のカタピラを有する自動車及び国土交通大臣の指定する特殊な構造を有する自動車
ロ 農耕トラクタ、農業用薬剤散布車、刈取脱穀作業車、田植機及び国土交通大臣の指定する農耕作業用自動車
二 ポール・トレーラ及び国土交通大臣の指定する特殊な構造を有する自動車
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あてはまらない。
車としては特殊だが道交法的にはバス。
特殊免許が必要なのは後輪操舵か中折れ操舵の車両。

大型二種と船舶免許です。