大型運転免許卒検で、左側にお店などの入り口があり、信号待ちで

大型運転免許卒検で、左側にお店などの入り口があり、信号待ちで塞いでしまい、対向車がそのお店に入れず対向車線が渋滞した場合は減点になると聞きましたが、そんな減点あるのでしょうか。
そもそも右折でお店に入ろうとするほうが悪いという感覚なのですが。

現に出入りしようとしている交通があるならば一旦空けて停止すべきですが、質問者さんが普通に信号待ちをしているとこに相手が勝手に後から来たわけです。
正常な交通を妨げる場合は、転回、後退、横断（右折での道路外への出入り）は禁止されていますから、そんな場面で右折入場する方が悪いというのは至極正論です。
結論。
交差点ではないから空けて停止する義務はない。
更には「交通整理の行われていない」交差点、または横断歩道が絡まない限りは「進入禁止違反（20点）」の減点も適用できません。
つまりは
「空けておいたほうがいいですよ」
程度の指摘があるかどうかでしょう。

道路の出入りを意図的に塞ぐなどで意地悪をしていると見做されれば、「安全運転意識」で10点減点です。

減点は無いと思いますが、どの程度見ていて、考えながら動かしているかです。
キャビン程度なら、ちょっと隙間開けて止まれますよね。乗用車1台分とか。
それ以降なら流石に無理があります。