車の免許はMT取りました普通二輪免許AT限定原付きのMTはのれ

車の免許はMT取りました
普通二輪免許AT限定
原付きのMTはのれますか？

原付き免許にAT.MTの区分はありません。
区分があるのは自動二輪全般と普通免許だけです。
つまり普通免許又は自動二輪免許に付帯してる原付きは、AT.MT関係無く乗れるということです。

普通自動車の免許では原付は大丈夫ですが、普通二輪免許AT限定は運転出来ません。

乗れますよ。
普通自動車または普通二輪免許を取得すれば原付免許を取得したのと同じになるので原付MTは運転可能です。
原付免許試験には技能試験がないのでMTとATは区別されていません。

所持免許としては、問題ないので
操作覚えれば大丈夫だよ。

法規では問題ありませんが、乗れるかどうかは別。