５年ほど前に運転免許が失効して、こんど新たに取得予定ですが、こちらから申告しな

５年ほど前に運転免許が失効して、こんど新たに取得予定ですが、こちらから申告しなくても過去の免許履歴と新たな免許データは繋がるのですか？
免許証番号はおそらく変わると思われますが、データは別々に処理されますか？

運転免許のデータは警察が管理しています。免許の取り直しでは新しい免許証番号が付与されるので、データとしては前の免許とは別に管理されます。ただし、受験の時点で過去の所持歴や処分歴、欠格期間の有無などを照合して確認をし、登録する時もデータベース上で関連付けをきちんと取ります。
一般的にこのような処理は「名寄せ」と言います。金融機関なども、データの管理は口座単位ですが、同一顧客の口座が何であるかのインデックスが貼られているので、口座一覧などをきちんと参照できます。

勿論、別扱いになりますよ。