免許の申し込みの時に「以前免許を持っていた」の欄をいいえにした場合どう

免許の申し込みの時に「以前免許を持っていた」の欄をいいえにした場合どうなりますか？今は原付免許を持っています。

どこに申し込む話ですか？。
教習所に申し込む話なら、過去の免許所持を隠しても、卒業まではバレないでしょう。ただし、現に原付免許を持っているなら申告しないと、卒業時に試験場で使えない書類を渡されます。新規と併記では書類が違いますからね。
試験場に受験を申し込む話なら、受験欠格などの判断は警察側がしますので、以前の免許歴を隠しても、それが直接の問題になることはないでしょう。ただ、過去に免許を失った経緯が欠格に該当するのに、それを隠していた場合は、不正免許の取得、またはその未遂に当たりますので、刑事犯罪に問われることになります。
正直に申告しないほうがいい理由は何もありませんね。

別に問題ありません。
教習所からすれば運転免許証取得歴なしと見なされるだけです。
逆に以前免許を持っていた」の欄をはいにした場合は
その失効した理由や取消になった理由を聞いてくるかも
知れませんね。

免許取り消し、免許の失効などの可能性を考えるでしょうね。