普通自動二輪の免許を取りに行くのに教習所に電話をしたのですが、この時期になると

普通自動二輪の免許を取りに行くのに教習所に電話をしたのですが、この時期になると高校生がきて予約が取りにくいのでそれを承知でご検討お願いしますと言われたのですが、
普通車の教習で大変だから二輪教習なんてやってる場合じゃないってことですか？

そうですね。
12月～３月は、進学・就職などを控えており、
進路決定後で大量に時間がある学生が
いっきに教習所に押し寄せます。
なので教習所が最も混雑します。
知り合いが東京・神奈川で複数の教習所を経営していますが、
12月～３月期間の教習所の売上は、
１年間の売上の65％を占めているということです。
なので非常に混雑します。
また、バイクに関していえば特殊な教習所を除き、
教習車両・教官は４輪の方が多いです。
免許取得希望者が４輪の方が多いからです。
そして２輪の教官は４輪も兼任しています。
なので2輪の教習枠自体が圧迫されることもあります。
さらに、現在は若い人や女性中心に、
空前のバイクブームが起きています。
なので、元から2輪の教習は相当に混雑しています。
私の甥は昨年9月に普通２輪教習を開始しようとし、
通える範囲の４つの教習所に電話をしましたが、
実際に入校できたのは今年の２月。
入校以降も技能教習の予約が全然とれず、
教習所卒業は今年の7月でした。
ここまで時間がかかるかどうかは、
わかりませんが、教習所が覚悟してくださいと
いっているのはこういうことです。

この時期はどこもいっぱい。
バイクの予約とりたくてキャンセル待ちをしようにも、
キャンセルでたら、クルマに指導員はいきます。
バイクを中止して車を増やしている時期でもあります
指導員も車に回されてますので。
通いで影響されない教習所は
バイク専門教習所だけですね

そうですよ高卒の就職組が大量に流れ
込んで来てこれらは3月いっぱいまでに
どうしても卒業させる必要が有ります
車校によっては12月の下旬位から3月
いっぱいは普通自動車以外の教習は
受け付けない会社もあるそうですから
上記の時期は普通自動車の就職組が
最優先ですから他は後回しです。

たぶん免許を取るのに半年くらいかかるという事だと思います。

「普通車の教習で大変だから二輪教習なんてやってる場合じゃないってことですか？」
そういうところは二輪の教習自体を中止するので、違う言い方で断るでしょうね。文字通り、教習生が多すぎるので、四輪だろうが二輪だろうが予約がシャレにならないくらい取れませんよ、って意味でしょう。
普通二輪だと技能教習は19時間ですが、仮にこれが週イチでしか予約が取れないとしたら、卒業検定までののべ20日に20週、5か月かかる計算です。今から5か月ったら、来年の4月半ばまでです。でも、多くの人は4月で新生活に移るので、卒業できないまま教習所から遠い場所に行ってしまうことになりかねません。それを避けるには週2以上のペースが必要になるでしょうが、それができない可能性があるから、そういう注意をされる、ってことです。
と言うか、わざわざそこまで事務員が言うのは、卒業できない可能性がある、どころではなく、卒業できる可能性が無い、レベルの混雑状態なんじゃないですかね。週イチどころか隔週でしか予約が取れないとか。

二輪も普通車も同じ人が教えるからです。全体の予約が多くなれば二輪も普通車も予約が取りづらくなります。さらに二輪はそもそも台数が少ない場合が多く、指導員も少なめです。