免許更新の期限切れで失効手続きをするのですが、失効手続きをして

免許更新の期限切れで失効手続きをするのですが、失効手続きをして免許再発行すると、その免許は更新も含まれていますか？

失効して再取得すると3年有効（正確には3年より少し短い）の免許が交付されます。更新は3年後までありません。

期限切れなので更新はできません。
厳密に言うなら再取得となります。
なので免許証番号が変わります。

質問の意味がよくわかりませんが…。
期限を切らしてしまったら、もう更新はできません。質問者さんは、もう更新はできないが、失効から6カ月以内の救済策により、実質的な試験免除で免許を「再び手に入れる」手続きをするんです。よって、それで得られる免許は「取り直したもの」であって、更新したものではありませんから、当然に「更新は含まれません」。免許証番号は前のものを引き継ぎますが、初取得日は再取得日に変わってしまい、免許歴もゼロから数え直します。