現行のジムニーをセカンドカーで買って年3000km程度の走行だと

現行のジムニーをセカンドカーで買って年3000km程度の走行だと、数年でエンジン等が調子悪くなるでしょうか？
主に冬用です。

最低でも月一でエンジンをかけて電動ファンを回すくらい乗ってるなら大丈夫
エンジンの油膜やガソリンの劣化の問題ですね
しかしいつも乗ってる車と比べるとシビアな使い方になるので車検毎にクーラントは交換した方が良いでしょう
また、オイルはこまめに交換しましょう

年1回程度はオイル交換とエレメント交換を行い、適度にエンジンをかけてバッテリー上がりを防止しておけば調子が悪くなることは無いです。
当方のスイフトスポーツは4年間で1万kmも走行していませんが、エンジンもバッテリーも快調で壊れる要素は一切無いです。