免許センターで車の免許をもらう時に原付の免許がある場合は返納

免許センターで車の免許をもらう時に原付の免許がある場合は返納すると思うんですが、原付の免許を無くしてしまった場合はどうするのですか？

無くしてそのままです、ならダメ。
ちゃんと警察に紛失しましたと届出を出して
｢私は免許持っていますが提示できません｣
の理由を示さなければならない。
じゃあ免許センターでできますか、ならできません。
無くしたのはあなたの不備なわけですから、責任もって最寄りの警察に行ってから免許センターへ行ってください。
当然ながら紛失などで提出しないとか再発行する場合は免許番号の1番最後に数字が付与されます。
0なら紛失歴なし、1〜9ならその回数紛失していてちょっとだらしなさすぎと社会的信用も損なわれますね。

警察に紛失を届け出て、番号をもらわないといけません。
それで再発行に進めます。

紛失届が必要
無くしたら受験時に問題が出てくる。