普通免許の卒検の学科試験について質問なんですが、現在僕は普通免許の

普通免許の卒検の学科試験について質問なんですが、現在僕は普通免許の仮免を持っていて次に卒検なんですが、卒検の前に大特一種の学科試験に受かったのですが、
この場合普通免許の卒検の学科試験は免除になるんですか？

卒検は学校の都合なのでそういったイレギュラーをするなら最初から自動車学校に聞けばいいと思います。

そもそも「卒検」は技能の試験なので、それに「学科試験」は付随しません。卒業後の本免許学科試験のことを言っているのか、その対策として教習所内で行われる模擬試験のことを言っているのだと思いますが、どちらにしても「卒検の学科試験」では意味が通じませんので、表現を改めたほうがいいですね。
免除にはなりません。同じ第一種免許の内容の学科試験でも、質問者さんはあくまで大特の試験として受けたもので、それを他の種類の免許の科目合格に流用することはできません。手元にあるはずの学科試験の合格証にも、免許の種類が記載されていると思いますので、確認しましょう。
それに、指定教習所での学科試験などの免除の前提は「既に他の一種免許を所持している」ことであって、学科試験の科目合格をしているだけでは対象になりません。