運転免許について質問です。 - 私はAT限定の普通自動車免許を持っている

運転免許について質問です。
私はAT限定の普通自動車免許を持っているのですが、今度原付二種か普通二輪免許を取ろうと思っています。その場合教習所を卒業し、免許センターに行くと学科試験は免除されて、新しい免許証が発行されるだけなのでしょうか？それとも新たに学科試験を受ける必要がありますか？

適性検査に合格すれば、併記となります。
既存の免許証に追加することを併記といいます。
ちなみに原付二種という免許はありません。
普通自動二輪小型限定となります。

「原付二種か普通二輪免許を取ろう」
とぢちらも同じものです。税務上「原付二種」と呼ばれる車両の運転には、普通自動二輪免許が必要です。ただし、125cc以下限定であれば、小型限定がつけられる、と言うだけです。
「学科試験は免除されて、新しい免許証が発行されるだけなのでしょうか？それとも新たに学科試験を受ける必要がありますか？」
学科試験はありませんが、試験の手続きはあります。
手持ちの運転免許証に種類を追加する手続きは「併記」と言いますが、これは試験と交付の手続きの組み合わせです。運転免許試験は、新たな種類の免許を取得する時には必ず行われます。ただし、指定教習所の教習コースを卒業した人は技能試験が免除になり、既に(原付と小型特殊自動車を除く)第一種免許を所持している人は学科試験が免除になります。免除にならないのは適性試験(視力や運動能力などの試験)だけです。
質問者さんの場合、教習所を卒業した後に、免許センター(試験場)に「併記」の手続きをしにいきます。まずは試験手数料を支払って試験を受けますが、実際に受けるのは適性試験だけで、学科・技能試験は免除です。合格すると交付手続きができ、種類が追記された新しい免許証が交付されます。

学科試験は免除になりますので交付手続きのみになります。

免除
原付２種ってのは免許上無いです。
（普通二輪・小型限定）
原付２種って表現は、保険・役所の税金種別・道路運送法での呼び名です。

学科試験免除、教卒なら技能試験も免除で適性試験のみです。