毒親との絶縁を考えているのですが、毒親に捜索願を出されると免許更

毒親との絶縁を考えているのですが、毒親に捜索願を出されると免許更新で止められるそうですが、免許データベースに捜索願いが出されてることが記載されるんでしょうか？

ええ。犯罪者の検挙などで必要になるので、免許データベースには必要に応じ「注意喚起」のインデックスが貼られているようです。よって、捜索願が出ている人かどうかは、試験場の係員の端末には表示されるでしょう。
ただし、何も心配する必要はないと思いますよ。捜索願があっても更新手続きが止められたりはしません。それに、昨年度から18歳成人なので、クルマの免許を取得する時点では既に成人扱いです。未成年者ならともかく成人です。毒親から逃れるなどで別に生活していて、毒親が捜索願を出しているからと言って、試験場に当人が来た時に、警察が自動的に毒親に連絡を入れたりはしません。まず本人に確認を取り、事件性がないことが確認できれば、捜索願による捜索そのものを止めます。
刑事犯罪人として手配されているなら話は別ですが、通常はそれでも更新手続きはしてくれます。ただ、新しい免許証を交付される前に身柄を拘束されるだけです。