免許試験を受けるにあたっての申請書や受験票って落ちるたびに毎回書き直さないとい

免許試験を受けるにあたっての申請書や受験票って落ちるたびに毎回書き直さないといけないんでしょうか？

ええ。受験票などは別にして、前回の書類が再利用できるという運用をしているところがあるとは聞きませんね。
そもそも、試験を受けるために申請書を書いて提出するのであり、免許を貰うためではありません。試験の結果がどうあれ、試験を受けた時点で試験の「申請書」の役割は終わっています。不合格で受け直すなら、またそのときに新しい申請書を作るのが当然です。

初めに提出したら予約カードが発行されるから2回目以降は必要ありません。

はい。
当たり前ですが必要なお金も毎回払います。