今教習所で普通自動車免許の取得するために通っているのですが、教

今教習所で普通自動車免許の取得するために通っているのですが、教習所に通っている途中で小型特殊免許を取得するために免許センターに行っても良いのでしょうか？

問題ありません。ただし、それで小型特殊自動車免許を取得できてしまった場合は、通っている教習所に必ず伝達しましょう。でないと、卒業の時に作ってもらえる書類が、併記用にしてもらう必要があるのに、新規用で作られてしまったりしますからね。
なお、原付や小型特殊自動車は一般試験のみなので問題ありませんが、普通自動車屋普通二輪などを指定教習コースを利用して取得する場合は、技能教習の法定上限時間の問題があるので、同時並行は避け、一つずつ取得していきましょう。