県外から東京を経由した免許更新の際の写真規定について優良運転者です。以下に

県外から東京を経由した免許更新の際の写真規定について
優良運転者です。以下に該当しない優良運転者に限り他県での免許更新が可能ということはわかりました。（以下免許案内より引用
・運転免許証の条件欄に「身体の障害」と記載されている方（眼鏡、補聴器等の条件は除く）。
・運転免許証の記載事項変更届（住所・氏名・本籍等の変更）を併せて行う方。例えば大阪で東京(品川区⇒渋谷区など)の住所変更を伴う更新手続きは優良運転者でもできません。
・運転免許証の再交付申請を併せて行う方。
・前回、失効手続きをし、今回優良運転者の方。
以上の内容には該当しなかったので他県で申請が可能です。
今までは写真規定が厳しく自分のアイデンティティが失われてきましたが、
免許の写真規定がわりと自由になった東京で更新をしたいと思ってます。
しかし、「経由」とかかれているのに不安があります。
もしかして東京を窓口にし、書類などを自分の県に送り審査し発行となると結局写真でははねられてしまいますよね？
そんな面倒なことをするのでしょうか？それともそのまま東京の公安発行になるのでしょうか？（3週ほどかかるのも確認済みです）
知っている方がいらっしゃいましたら教えてください。

運転免許証の作成に使用する写真が受け付けられるのは、各運転免許試験場のみです。
一方、経由申請の受付は、新宿と神田の運転免許更新センターのみです。
ご希望に沿えるか、センターに確認された方がよろしいかと。
https://www.keishicho.metro.tokyo.lg.jp/menkyo/koshin/koshin/kousin00.html#cmsB8C82

「経由」更新ですから、質問者さんが手続きをする県の警察は、更新申請を住所地の都道府県警察へ「経由」するだけです。更新手続き自体は、経由して送付された申請書類を元に、免許証記載の住所の道府県が行い、免許証の作成もそこで行いますので、申請用写真の「審査」もその道府県の基準で行われます。交付まで3～4週間かかるのは、そのための期間です。
質問者さんがどんなアイデンティティを、免許証「ごとき」の写真に求めているのかは知りませんが、経由更新では免許証用の写真も提出しますので、意に沿わない写真を現地で撮影される訳ではありません。だったら、調整の余地は十分にあるのでは？。
なお、他の都道府県での更新については、免許データベースの管理がオンライン化されていることもあり、近々にできるようにするという報道発表が以前ありました。今回は間に合わなくても、次回からは可能になっているかも知れませんね。

経由措置は地元公安の発行になります。
ただ、お役所仕事として一度受け取った書類は意地になって通す方向で努力してくれますから、東京の受け付け窓口さえ突破すれば、以降は心配無いでしょう。

仰る通りです。
詳しくはこちらよりどうぞ！
https://www.keishicho.metro.tokyo.lg.jp/menkyo/koshin/koshin/koshin09.html