普通自動二輪の免許を取りたいのですが、自動車免許がMTではなくATの場合

普通自動二輪の免許を取りたいのですが、自動車免許がMTではなくATの場合って、学科免除とかなりませんか？

なりますよ。
学科試験は全国全車種共通の
道交法の試験です。
ATの法律とか、MTの法律など
ありませんから、関係なく免除されます。
今後は旅客用の２種免許でも
とらない限り試験は免除です。

なります。

なります。

免除ですよ。
ATかMTかは技能の話ですから…

限定有無に関係なく、普通二輪免許・大型二輪免許・
普通免許・準中型免許・中型免許・
大型免許・大型特殊免許・牽引免許の第一種免許の学科試験は
共通なので問題及び学科教習は、同じなのです。
その範囲から出題されます。
尚、上記何れか1つの免許を
取得していれば、他の免許取得時には、
仮免含め学科試験は免除になります。
従って普免持ちであれば
公認教習所卒業し、二輪免許を併記の際は、
適性検査に合格すれば免許証が交付されます。

学科試験は無いけれど、それらを全部知っているという体で教習や検定は進むからね。