小型船舶免許の試験について質問です。二級を取得してから、一級

小型船舶免許の試験について質問です。
二級を取得してから、一級にグレードアップする場合
試験は学科のみでしょうか？

実質学科のみです。
身体検査は、船舶免許の更新時と同じです。
検査官から名前を呼ばれて、返事をし検査官の前まで歩いていき、
簡単な視力検査をするだけで終わりです。
それよりも、１級の取得は２級の免許の更新代わりに受ける事を
お勧めします。
１級を取ると免許の有効期限がその時点から５年間になるので、
２級の更新期限ぎりぎりに１級をとれば更新代わりになるからです。
ちなみに、
更新の費用が１００００円程度
１級取得の費用が１２０００円程度
です。
２級を取って４年半で更新代わりに特殊を取って、また４年半で
１級を取って１４年くらい更新をせずに乗り切っている人もいます。

上級学科審査と身体検査の審査になります。
身体検査に不合格になりますと、学科は受けられません。

一級を受ける時期によっては、身体検査も受ける必要があります。
確か、６か月有効だったような。

学科のみ。
免除項目あり。

「試験は学科のみでしょうか？」ではその通りです。ステップアップ（受験）取得と言います。
試験内容は
上級運航 I(50分／８問)と上級運航II(20分／６問)です。
ステップアップは以下に載っています。
https://www.jmra.or.jp/license