来年の免許更新までに新しく他の免許を取ることで新しく交付してもらえば、違反が

来年の免許更新までに新しく他の免許を取ることで新しく交付してもらえば、違反があったとしてもブルーではなくゴールド免許が交付されるのですか？

免許取得前の過去5年以内に違反があるなら免許取得時にブルーになります。

ルール上では、免許を併記（他の免許をとること）する場合は前日から過去５年間の事故違反歴を見るのでブルーになってしまいますが、
違反直後に併記した場合、違反の点数処理が間に合わず、ゴールドになる場合があります。

「違反に対して否認をし不服申し立て(加点処理の停止)をしている最中」とありますが、違反を認めず、否認をしただけなのではないですか？
点数を付与されただけでは何の不利益も被りませんから、処分には当たらず、あくまで公安委員会の内部行為という扱いとなります。
たとえ、点数の取消を求める行政訴訟を提起したとしても、訴えの利益がないということで棄却されています。
>この時点で併記した場合
違反を認めた場合と何ら変わらず、警察内での処理が済めば、違反点数が登録されます。
併記を行う時点で点数登録が済んでいれば、運転者区分に影響し、ゴールド免許ではなくなります。
ただ、併記でブルー帯の運転免許証の交付を受ければ、優良運転者に区分されるように地位を回復するという訴訟利益がありますので、行政訴訟で争うことができるようになります。

違反があれば免許を併記(新たな免許資格を追加)づるとブルーになります。
免許の色は過去5年間の違反の有無によって決まるので、免許併記時の過去5年間に違反があったらブルー免許になります。
※免許併記及び更新時に変わるので、併記すればその時点から過去5年間の違反歴がかかわってきます。