バイクの免許を持っていて、車の免許（卒業検定に受かった場合）は学科免

バイクの免許を持っていて、車の免許（卒業検定に受かった場合）は学科免除なのでいつ警察署にいっても免許の書き換えはできますか？

卒業検定に受かっても、有効期限はあるので「いつでもいい」わけではないです。
期限内ならいつでも、ですから「受かったならいつでも」とはなりません。
書き換え前に免取になるような事故や違反した場合などに「まだ車の免許受け取ってないからバイク取消されても車乗れますか？」みたいにもなりません。
学科試験みたいな問題ですけど、そういう「必ずしもそういう解釈はできない」わけですね。あなたが「そういう事聞いてるんじゃない」だとしたら「言葉足りないからそう説明せざるをえない」なので