免許更新についてです。ある人が初めての免許で、二輪免許を取得し、免許証を交付し

免許更新についてです。
ある人が初めての免許で、二輪免許を取得し、免許証を交付してもらったとします。
その1年後に普通車の免許をとり、免許センターにて更新してもらいました。
更新ハガキが来るのは二輪の免許取ってからの3年後ですか？
それとも普通車の免許をとってからの3年後ですか？

＞その1年後に普通車の免許をとり、免許センターにて更新してもらいました。＜↑↑ 更新ではなく普通免許の併記ですね。
普通免許を併記した年月日からです。
さらに質問のケースでは３年後の更新は二輪免許を取得して５年未満ですので
３年後の更新は初回更新になります。

あとのほうの免許種「併記」の日から数えます。
ですので、15種類の免許を１～３年ごとに取得している人は3年とか５年の更新をしたことがない、という人を知っています。

普通免許取得からです。
免許に更新年月書いてありますので、確認して下さいね。