原付免許で違反をしてしまい、初心運転者講習の通知書がきました。これを受

原付免許で違反をしてしまい、初心運転者講習の通知書がきました。これを受けずに中型免許を取得したら、原付の免停は上書きされセーフになりますか？

中型自動車免許を受験できる人は、普通自動車免許か準中型自動車免許を所持しているはずなので、原付の初心者期間にはなく、原付の違反で初心者講習に呼ばれることは無いはずです。
原付の違反で初心者講習に呼ばれる人は、何も上位免許を所持していない人だけなので、中型自動車免許は受験できません。
あと、免停と初心者講習は無関係です。

免停は免除されません。
初心者講習は上位免許を取得すれば免除されます。
初心者講習と免停は別なので、分けて考えてください。
あなたの場合、まだ3点か4点だと思います。
それなら、まだ免停ではありません。

上位免許を取れば下位免許の初心者期間は終わります。
ただ、免停とのことなので6点以上かと思います。
免停中は仮免許での路上練習はできません。
いきなり中型免許となると自衛官かと思いますが、職場での処分も考えられます。
なお、原付は再試験は学科のみなので再試験になってもそこまで心配することはないです。
（二輪や四輪なら実技で落ちる）

原付→中型一種
は取れません。

上位免許取得すれば下位免許をカバーする為、
下位免許の初心者期間が終了して、
上位免許の初心者期間が開始します。